ساختمان اورژانس از بدو تاسیس مجتمع در محل ضلع شمالی غربی مجتمع قرار داشت و ساختمانی مستقل دارای پیشینه کاملا ممتاز در سراسر ایران بود. ساختمان اورژانس در سال ۱۳۹۰ به دستور ریاست محترم وقت مجتمع، جناب آقای دکتر معتمدیان پس از ساخت بخش جدید، از محل قدیمی آن به محل جدید آن که قسمتی از طبقه اول و دوم بیمارستان ولیعصر میباشد، منتقل شد. این تغییر و تحول به دلیل اختصاص ساختمان قدیمی اورژانس به محلی برای ساخت بیمارستان جدید مهدی کلینیک صورت گرفت.

ساختمان قدیمی اورژانس دارای بخشهای مستقل زیر بودند:

بخش اورژانس یک، بخش اورژانس دو، بخش اورژانس سه، بخش اورژانس اطفال، بخش ICU اورژانس، بخش رادیولوژی اورژانس، بخش آزمایشگاه اورژانس و بخش اتاق عمل های اورژانس، درمانگاه های اورژانس، بخش CSR، تأسیسات و موتورخانه، سالن غذا خوری پرسنل و پاویون دستیاران و اساتید.

مرکز پیشین اورژانس مجتمع علی رغم قدیمی بودن، در طی ۷ سال، امکان سرویس دهی به بیماران و مصدومان را بدون نیاز به سایر ساختمان ها و بخش های بیمارستان فراهم نمود و شامل تعریف بین المللی ← Free Standing Emergency Department → می بود، که از نظر تقسیم بندی در حوادث و بلایای بزرگ امتیاز بالای داشت.

در حال حاضر محل مرکز اورژانس مجتمع در بال شمالی-غربی بیمارستان ولیعصر قرار دارد. بخشها و قسمتهای مهمی از مرکز اورژانس قبلی در ساختمان ولیعصر ادغام شده است که باعث افزایش بار کاری دی بیمارستان ولیصر و مرکز اورژانس شده است.

بخشهای باقیمانده در مرکز اورژانس جدید مجتمع در طبقه اول شامل بخش اورژانس یک، بخش اورژانس دو، بخش رادیولوژی و در طبقه دوم شامل بخش ICU و دفتر اداری بخش اورژانس و گروه طب اورژانس میباشد. سایر بخشهای مرکز اورژانس قدیمی شامل آزمایشگاه، اورژانس اطفال، اورژانس زنان و زایمان، تاسیسات و موتورخانه، بخش CSR، بخش اتاق عمل های اورژانس، پاویون دستیاران و درمانگاها به نحوی در سایر قسمت های بیمارستان ولیعصر یا ساختمانهای دیگر ادغام شده است. بخش اورژانس ۳ با گنجایش ۵۰ تخت بستری در حال حاضر به طور کامل حذف شده است.

در حال حاضر طبقه اول مرکز اورژانس ۳۵۰۰ متر مربع است و شامل بخش اورژانس یک، بخش اورژانس دو، اتاق عمل سرپایی، بخش رادیولوژی اورژانس، واحد های اداری، پذیرش و ترخیص، واحد تریاژ، واحد اتاق معاینه سرپایی و اتاق احیا میباشد. طبقه دوم مرکز اورژانس ۱۰۰۰ مترمربع است که شامل بخش ICU، دفتر گروه طب اورژانس و دفتر ریاست مرکز اورژانس و سالن اجتماعات ولیعصر میباشد.