بعد از تشکیل مدرسه طب و استقلال آن از تشکیلات دارالفنون در سال ۱۲۹۷ و از آنجا که بیمارستان های تهران برای آموزش بالینی دانشجویان و پاسخگویی به بیماران کافی نبود و نیز مدرسه طب نمی توانست مسئولیت های خود را بصورتی موثر انجام دهد،بنابراین هیات دولت وقت در ۲۳ بهمن ماه ۱۳۰۶ (ه.ش) تصمیم گرفت بیمارستان ۵۰۰تختخوابی (پهلوی سابق و امام خمینی(ره) فعلی ) را احداث کند تا هم مکانی مناسب برای آموزش دانشجویان فراهم گردد و هم اداره صحیه بتواند پاسخگوی بیماران که به تبع رشد جمعیت افزایش بود باشد.
پس از اینکه زمین خریداری شد در سال ۱۳۰۸، اداره صحیه و وزارت دارائی اقدام به ساخت بیمارستان که در ابتدا به نام بیمارستان پانصد تختخوابی نام گذاری شد، می نمایند. ولی به دلایل نامشخص تا سال ۱۳۱۵ اقدام خاصی برای ساخت بیمارستان صورت نمی گیرد.
با شروع جنگ جهانی دوم و ورود قوای متفقین به ایران کار ساخت بیمارستان متوقف و به اشغال نیروهای متفقین درمی آید.اشغال بیمارستان تا سال ۱۳۲۵ یعنی پایان جنگ جهانی دوم ادامه داشت. با خروج قوای متفقین از کشور و بمنظور راه اندازی سریعتر بیمارستان بیمارستان از طرف دولت تجهیزات و منابع مالی تامین گردید.
از تاریخ دقیق افتتاح بیمارستان اطلاع موثقی در دست نیست. احتمالا افتتاح رسمی جهت بازگشایی آن صورت نگرفته است شاید علت این موضوع بخاطر شرایط ویژه پس از جنگ کشور بوه است.مع الوصف طبق شواهدی ه در دست است از اواخر سال ۱۳۲۵ تا سال ۱۳۲۷ به تدریج بخش های بیمارستانی از بیمارستانها به این محل منتقل و یا بخش های جدیدی در آن تاسیس گردید.
این بیمارستان در هنگام شروع فعالیت ساختمان های بنای مرکزی(بیمارستان امام)، بنای غربی(ساختمان بخشهای عفونی) و بنای شرقی (انستیتو کانسر) را شامل می شد و امکاناتی چون دستگاه پخش صدا، کارخانه یخ سازی، کارگاه مکانیکی و تراشکاری، مرکز تلفن با ظرفیت ۳۰۰شماره داخلی و ۷ شماره خارجی در آن وجود داشته است
این بیمارستان ۵ طبقه به همراه ساختمان بخش های عفونی در ضلع غربی خود با گذشت زمان تغییرات زیادی در نحوه قرارگرفتن بخش های مختلف را داشته است.
ریاست این بیمارستان را در حال حاضر آقای دکتر علیرضا کاظمینی عهده دار می باشد.