بخش داخلی مجتمع بیمارستانی امام خمینی (ره) از نخستین سال های تاسیس بیمارستان هزار تختخوابی به همت اساتید بزرگ داخلی آن زمان راه اندازی شد. دکتر محسن نفیسی، دکتر مرشد، دکتر کاظم آملی از اساتید بزرگ علم و اخلاق و پایه گذاران طب داخلی در مجتمع بیمارستانی امام خمینی (ره) بوده اند. به تدریج با ورود رشته های فوق تخصصی داخلی بخش های مختلف فوق تخصصی داخلی هم در مجتمع بیمارستانی امام خمینی راه اندازی شدند. بخش داخلی جنرال از سال ۱۳۸۱ با ریاست دکتر عظیم میرزازاده با حدود ۱۲ تخت بیمارستانی در ساختمان امام مجتمع بیمارستانی به فعالیت خود ادامه داد. با توجه به افزایش نیاز به تخت های درمانی و نیز فعالیت های آموزشی این بخش از سال ۱۳۹۱ ساختمانی جداگانه در دو طبقه با ۵۲ تخت بیمارستانی به این بخش اختصاص یافت و به پاس زحمات استاد طب داخلی دکتر محسن نفیسی این ساختمان به نام ایشان نامگذاری گردید.

در حال حاضر بخش داخلی جنرال در مجتمع بیمارستانی امام خمینی (ره) در ساختمانی به نام ساختمان استاد نفیسی واقع می باشد. طبقه اول این ساختمان بخش طبی ۱ دارای ۲۶ تخت بستری مردان و طبقه دوم بخش طبی زنان دارای ۲۶ تخت بستری زنان می باشد. واحد آموزش بخش داخلی جنرال نیز در طبقه دوم همین ساختمان واقع می باشد.